民國73年台北市某婦幼醫院發生新生嬰兒沙門氏菌腸炎大流行引起福利部疾病管制署關注。同年福利部疾病管制署聘請美國疾病管制局感染管制專家日裔美籍川島醫師(Dr. Nakashima)擔任顧問，開始推行台灣地區的院內感染管制工作。並邀集多位感染科醫師及流行病學專家成立醫院感染控制計劃，開始訓練感染管制護理師、醫師、及醫檢師成為種子教師，以推廣醫院院內感染管制並在醫院成立感染管制委員會。此後感染管制在政府政策引導下蓬勃發展，從事醫院感染管制工作的人員也逐漸增多。

        日後為了提高醫療服務品質和建立學術專業也促成學會的成立動機。民國82年6月18日組織第一次籌備小組，同年12月12日召開成立 ”台灣醫院感染管制學會” ，並經由選舉產生第一屆理監事，由呂學重醫師擔任理事長。之後每三年改選一次。繼由黃高彬醫師（第二屆）、張上淳醫師（第三屆）、莊銀清醫師（第四屆）、顏慕庸醫師（第五屆）、李聰明醫師（第六、七屆）、薛博仁醫師（第八屆）和張峰義醫師（第九屆）擔任理事長，一步一腳印無私無我奉獻學會。各屆理監事個個以學會為重，在大家的努力經營下，由數百名會員的小學會成為數千人的大型學會。

         近年來我們不斷的改革和追求進步，除了協助衛生福利部疾病管制署完成多個醫院感染管制措施及指引的訂定，持續辦理「院內感染控制雜誌」外，學會也舉辦相關的感染管制繼續教育，訓練和甄選感染管制師。同時也參與衛生福利部疾病管制署委託醫策會所舉辦的感染管制查核作業品質提昇計劃的推行。為因應感染管制的變遷和未來的發展，學會已於民國100年1月9日第十八次會員代表大會通過更名為”社團法人台灣感染管制學會”。