投稿分類 其他

主委發表種類: 壁報

投稿標題(中): 以次世代定序(NGS)方法檢測HIV-HCV病人之HCV基因亞型

投稿標題(英): Hepatitis C Virus Genotyping using Next-Generation Sequencing in HIV-HCV coinfection patients

投稿摘要: 目的: 以Sanger直接定序法並做親緣分析是HCV基因分型的gold standard，惟其操作程序複雜又耗時，且若同時感染兩種基因型 (mixed type)，Sanger定序法無法檢測出。自動化NGS檢測平台提供高可信度的HCV基因分型，mixed type的感染也可正確被檢測出，因此透過NGS方法，可提供醫師最正確的病毒資訊，讓病人得到適當治療。
方法: 篩選出HCV病毒量＞1000 IU/ml的病人，分別以Sanger直接定序法及Santosa® SQ HCV Genotyping NGS Assay方法做定序，當結果不一致，再以Roche HCV GT做第三種方法檢測。
結果: 檢測30位病人，有15位病人結果一致。其餘15位病人，13位基因型相同，但亞型不同(minor discordance)，這13位病人有4位以Sanger法只測得一種基因型別，但以NGS法發現病人是mixed type，其餘9位則都是基因型6，但兩種方法測得亞型不同。另有2位病人兩種方法結果不一致，再以Roche HCV GT試劑檢測，結果一位與Sanger法相同，另一位則與NGS檢測結果相同。
討論: 30位病人若排除minor discordance，NGS檢測結果與Sanger定序法有93.3%的一致性，且NGS檢測到4位病人有mixed type情形。另外有兩位病人兩種方式檢測出的基因型不同，以Roche HCV GT檢測後，有一位病人結果與NGS相同，但另一位病人則與Sanger定序結果相同。
結論: 以NGS方法做HCV基因分型確實可以快速提供臨床醫師正確HCV型別及變異分析，將是未來基因分型的主要方法。

稿件檔: